A teoria mais aceita pelos geólogos é de que o rio Amazonas formou-se a partir de um grande golfo, que originalmente se abria ao Oceano Pacífico. Com a separação do super continente Pangea há 130 Ma (particularmente, a quebra do Gondwana, o continente formado antes do Pangea pela junção da Africa, América do Sul, Antartica, Arábia e Austrália) o deslocamento da placa americana para oeste gera a formação da cordilheira dos Andes há 65 Ma, esse golfo fechado a oeste, se abre para leste pela captura de drenagem vinda do Atlântico, tendo o grande rio assim se formado (ver teoria das placas tectônicas). Sua origem explica o fato de o rio Amazonas apresentar inclinação muito pequena. Em todo seu trajeto inclina-se menos de cem metros; num trecho de 3 mil quilômetros em território brasileiro, a inclinação é de apenas 15 metros. Durante muito tempo, considerou-se a desembocadura do Amazonas na região de Belém. Hoje, o rio que banha a capital paraense (rio Pará) não é considerado como foz do Amazonas, fazendo parte da Bacia Hidrográfica do Tocantins. A foz do Amazonas está no lado ocidental da ilha de Marajó. Isso faz com que a cidade de Macapá sejam considerada a única capital banhada pelo rio. O volume d’água despejado pelo rio é tão descomunal que a água do mar é doce por vários quilômetros além da desembocadura.
